公司注销的时候工商局是否查基本户

公司注销要先经过税务注销，然后才是工商注销。
公司注销的时候是要会计师事务所的做资产清算的，做税金汇算清缴的，待税务部门稽查确认后，予以税务注销；只要在税务注销完毕后，工商部门才会根据税务注销资料进行工商注销；所以，建议你去咨询会计师事务所应该如何操作。
只要税务的同意注销，工商部门是不会查的！

我是常州小规模商贸公司，国税已经注销了，地税如果不去注销的话，会有什么麻烦？

征管法规定，在办理工商注销15日内应该办理税务登记的注销手续。
不去办理注销，又不办理报税的话，经过催报等手续后，就会列为非正常户，进行非正常户注销。同时在税务机关列为黑名单，并且会将此信息与工商传递，日后不要打算开公司了。另外，国内信用档案进一步完善之后，对你以后贷款什么的都会有影响。
注销的手续并不麻烦，通过你的描述，我猜你开的是家以生产销售为主的公司，如果是，先办理国税的注销手续，携带税务登记证正副本到国税局办理注销手续，最好是请移至帮你报税的人办理，因为可能还要做所得税的年度申报，在注销表上留下你的手机号码，等待国税局办理完注销手续后，你凭着国税局的注销税务事项通知书再到地税办理注销税务登记。
一般情况下，办理注销的时间在15天左右，具体时间各省不一样。目前各地都开通了咨询热线，可以拨打12366热线。