公司的帐目很乱,不办理注销,工商税务那里有影响吗?

建议去注销，不要做违规的事情。如果被抓到，后果很严重！

年检马上到期公司刚要办理注销还用正式通知工商公司注销吗

首先工商注销,必须向工商申请办理,之前还要先去税务局注销税务登记证.

这里再说一下,不论你们公司是否要注销,年检还是要做的.

只有通过年检,你们公司的注销申请才能被工商批准.

签订了财税库银三方协议的银行帐户撤销时是否应先去税务局办理撤销手续？可以在银行端撤销三方协议吗？

这要看你公司注销了还是变更账户？
公司注销要先工商、税务注销。
如果是变更账户可以到银行直接办理再到税务局备案。

各地有所差异，具体要咨询当地银行和税务专管。